Політик і державний діяч Гетьманщини.
Навчався в Києво-Могилянській академії, потім у Львові.
Суддя стародубського полку (1727-1738 рр.).
1738 року призначений генеральним бунчужним.
1740 року член Генерального суду, генеральний хорунжий (1741-1760 рр.).
Працював у кодифікаційній комісії для складання кодексу «Права, за якими судиться малоросійський народ».
1745-1748 рр. Ханенко їздив до Петербургу з домаганням відновити гетьманську владу в Україні.
Микола Ханенко вів щоденник, який охоплює період з 1719 по 1754 рр., «Партикулярний журнал» за 1754 р. Залишив архів з історичними матеріалами: україно-московські договори («гетьманські статті»), укази царського уряду, службові й родинні папери, рукопис «Краткое описание Малороссийского края», Бендерська конституція 1710 р.