Генеральний осавул в 1741—1757 рр. за діяльності Правління гетьманського уряду та урядування гетьмана Кирила Розумовського під час Глухівського періоду в історії України. Бунчуковий товариш.
Після смерті Івана Мануйловича, головний командир Малоросійського тимчасового Правління гетьманського уряду підполковник Яків (Джеймс) Кейт (1696—1758) запропонував на посаду Генерального осавула саме Якова Якубовича. Прийняв присягу 14 січня 1741 р. Посаду він обіймав разом з Петром Васильовичем Валькевичем (бл. 1687—1758).
Після обрання гетьманом Кирила Розумовського був перепризначений у 1751 році в цей уряд.
Під час церемонії обрання в Глухові Кирила Розумовського, Я. Якубович їхав разом з дванадцятьма бунчуковими товаришами з правого боку карети гетьмана для публічного читання Найвищої грамоти про дарування гетьманства.